"Şıx düzü"ndə aparılan arxeoloji qazıntılar sübut edir ki, bu ərazi vaxtilə Gəncə şəhərinin bir növ fəxri xiyabanı olmuşdur. Burada Şeyx Nizaminin məqbərəsinin ətrafında Gəncə şəhərinin başqa hörmətli şəxslərinin də məqbərələri olmuşdur. XIX əsrin əvvəllərində Rusiya imperiyasının Qafqazda yeritdiyi işğalçılıq siyasəti nəticəsində Gəncə xanlığının süqutundan sonra, 1826-cı ildə "Şıx düzü"ndə baş verən məşhur Yelizavetpol döyüşü zamanı məqbərə ciddi zədələnir və təmir edilmədiyindən bərbad vəziyyətə düşür. XIX əsrin 40-cı illərində tamamilə dağılmaq təhlükəsi qarşısında qalan məqbərənin ciddi təmirə ehtiyyacı olduğunu görən Qarabağ xanlığının tarixçisi Mirzə Adıgözəl bəy XIX əsrin ortalarında məqbərəni təmir etdirərək onun uçmuş günbəzinin əvəzində yeni bir günbəz tikdirir.

Daha sonra General Yadigarzadə tərəfindən bərpa etdirilib. XX əsrin əvvəllərində isə Adıgözəl bəyin nəslindən olan və Gəncənin polis rəisi işləyən Əjdər bəy Adıgözəlov-Gorani günbəzi təmir etdirir. Bundan sonra məqbərə tamamilə baxımsız qaldığından uçub dağılır. 1875-ci ildə İran taxtının vəliəhdi Fərhad Mirzə Qacar böyük şairin ziyarətinə gəlişini və məqbərənin vəziyyətini özünün "Yol bələdçisi" kitabında da belə təsvir edirdi: "Biz daha yeddi verst yol gedəndən sonra çox da böyük olmayan bir gümbəz gördük. Gümbəz yarıuçulmuş bir vəziyyətdə idi. Bu-şeyx Nizaminin məzarı idi. Buradan Gəncəyə yeddi verst qalırdı. Mən tələsə-tələsə məzara doğru getdim. Ancaq yaxınlıqdakı postun qarovulçuları gümbəzin üstünə o qədər ot yığmışdılar ki, içəri keçmək mümkün olmadı." 1879-cu ildə Məkkə ziyarətinə gedən Seyid Əzim Şirvani Nizaminin məqbərəsini ziyarət edir.

1947-ci ildə şairin məzarı üstündə “Yeddi Gözəl”in (“Haft Peykar”) 750-ci ildönümünə həsr edilmiş abidə ucaldılıb. Məqbərə 1990-1991-ci illərdə yenidən qurulub. Nizami Gəncəvi məqbərəsi kompleksinə qoruq statusu verilib.